آیة الله حاج سید جعفر سیدان در اواخر سال ۱۳۱۳ شمسی در خانواده ای مذهبی و مؤمن در شهر مقدس مشهد دیده به جهان گشود؛ وی دوران کودکی را در دامن پر مهر مادری عفیفه و مومنه و سایه پدری مهربان گذراند و پس از فراگیری دروس مقدماتی در مکتب خانه، به جهت ترغیب والدین و علاقه شخصی وارد حوزه علمیه مشهد شد. ایشان در دروس سطح حوزه در محضر اساتید مبرز و برجستة آن روزگار مانند مرحوم ادیب نیشابوری، آیة الله حاج میرزا احمد مدرس یزدی در قوانین ومعالم و شرح لمعه و آیة الله شیخ هاشم قزوینی در رسائل وکفایه و مکاسب شاگردی نمود و پس از گذراندن دورة سطح به مدت هشت سال در خارج فقه و اصول حاج سید محمد هادی میلانی شرکت کرد و دروس فلسفه و کلام مانند شرح منظومه و اشارات و مشاعر و دیگر دروس را از محضر آیة الله حاج شیخ محتبی قزوینی فرا گرفت. ایشان در سال ۱۳۴۱ شمسی با همشیره آیة الله حاج سید علی سیستانی ازدواج نمود.

سلوک سیاسی و علمی

ایشان در حوزه علمیه مشهد با آیات میرزا جواد آقا تهرانی و شیخ حسنعلی مروارید و حاج میرزا علی فلسفی ارتباط علمی و سیاسی  داشت و

 به همراه استاد محمد رضا حکیمی بنیادگزار مکتب تفکیک هستند که درصدد جداسازی گفته های بشری از معارف وحیانی و حفظ خلوص معارف از آمیختگی با نحله ها ومکتب های های فلسفی وعرفان بشری است.

ایشان سال های متمادی مروج و مبلغ معارف اسلامی و تدریس در مجامع علمی اعم از حوزوی و دانشگاهی است و در عرضه مناظرات علمی اشتغال داشته است و راهنمایی طلاب ودانشجویان در برخی رساله ها و پایان نامه ها را به عهده داشته است.

ایشان هم اکنون به تدریس تفسیر قرآن، کلام ومعارف اسلامی در حوزه علمیه مشهد اشتغال دارد.

تالیفات

ثمره تلاش های گسترده معظم له در عرصه تالیف بیش از بیست وپنج کتاب در زمینه علم کلام وعقائد است.مانند: دروس اعتقادی، میزان شناخت، جبر واختیار، معاد، فوائد نبویه، آیات العقائد؛ عینیت وسنخیت تباین،تعلیقه بر کتاب «بیان الفرقان فی توحید القرآن»، تفکیک یا روش فقهاء امامیه، شرح خطبه ۱۵۲ نهج البلاغه، رساله نقد اصالة الوجود، رساله نقد قاعده الواحد.